Öğrencilere askerlik tebligatı gönderilmeye başlanınca, birçok öğrenci eğitimlerine ara vererek askere gitmek zorunda kaldı. Bakanlık, öğrencilere bir darbe de Genel Bilgi Toplama sorgusuyla vurdu. Uzun dönem askerlik süresinin kısaltılması ile doğacak boşluğu asker kaçaklarını silah altına alarak doldurmaya karar veren Milli Savunma Bakanlığı, yoklama kaçağı ve bakayaların silah altına alınması için İçişleri Bakanlığı ile protokol imzaladı. Protokolle, 2008 yılında Genel Bilgi Toplama’dan (GBT) aramaları düşürülen asker kaçağı ve bakayaların yeniden GBT’ye girmelerini sağladı. Bu uygulamayla GBT sorgusunda asker kaçağı olarak görünen birçok üniversite öğrencisi de yakalandığı yerde askere alınmaya başladı. 

Milli Savunma Bakanlığı 18 Ocak 2012’de YÖK’e yolladığı yazıda, 29 yaşından büyük yükümlülerin askerliklerinin ertelenmesine imkân olmadığını belirterek bu kişilerin eğitime, askerliği tamamladıktan sonra devam edebilmeleri için gerekli tedbirlerin alınmasını istemişti.

İdare mahkemeleri ise öğrencilerin eğitim haklarının sadece kanunla sınırlandırılabileceğini gerekçe göstererek yürütmeyi durdurdu. Mahkeme kararına karşılık YÖK, ağustos ayında üniversitelere bir yazı yollayarak 29 yaş sınırını aşan öğrencilerin ders kaydının yapılmasını, ancak askerlik tecillerine karışılmamasını isteyince üniversitelerde asker kaçağı öğrencilik dönemi resmen başlamıştı.